中国输血杂志

2018, v.31(04) 332-338

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储存红细胞ATP代谢circRNA筛选及功能预测
The screening and function prediction of ATP-metabolism-associated circRNA in stored red blood cells

张怡宇;苑召虎;黄慧瑛;李秋娴;李楠;黄建云;魏亚明;

摘要(Abstract):

目的筛选4℃储存前、后期红细胞差异表达的circRNA并初步预测其功能。方法采集健康无偿献血者5(人)份血样200 m L/份,制备成悬浮红细胞,滤除白细胞后(悬浮滤白红细胞)分为3组:4℃储存0、20及40 d组,对3组标本用第2代高通量测序技术检测,根据FDR<0.05且|log2FC|>1这2个条件,以火山图和表达模式聚类分析筛选出差异基因并用cytoscape作出mRNA—circRNA—miRNA网络图;通过KEGG和GO分析筛选出与ATP代谢相关的circRNA验证;最后通过生信软件预测hsa_circ_0007470—hsa-miR-155-5p—MRP4的分子结合具体区域及生物学功能。结果红细胞储存20 d较0 d时差异表达的circRNA有119个,40 d较20 d时差异表达的circRNA有110个,2个储存阶段都有差异表达的circRNA共有41个。KEGG和GO分析显示在差异表达的circRNA中hsa_circ_0007470的亲本基因MRP4富集于c AMP代谢通路。mireap、miranda、targetscan、circBase、miRBase、mirTar Base软件分析及序列比对显示hsa_circ_00007470可与hsa-miR-155-5p结合;hsa-miR-155-5p可与MRP4结合。经PCR验证,红细胞储存在0、20、40 d时,hsa_circ_00007470、MRP4、hsa-miR-155-5p的变化倍数分别为1.00±0.02、1.36±0.09、0.53±0.16,1.00±0.01、1.87±0.48、0.45±0.20,1.00±0.02、0.43±0.20、0.98±0.29。红细胞储存0、20、40 d时,总ATPase(U/gHb)分别是40.87±5.883、18.300±2.847、10.21±1.636;ATP(U/gHb)分别是8.708±1.25、3.082±0.166、2.462±0.252。结论储存红细胞中存在circRNA,且含量会随储存时间发生改变,储存20 d后红细胞的hsa_circ_00007470与ATPase及ATP表达呈同向相关性,hsa_circ_00007470或许能解除hsa-miR-155-5p对MRP4的抑制作用,通过ATP代谢途径改善红细胞变形能力。

关键词(KeyWords): 储存红细胞ATP酶;环状RNA;小分子RNA;cAMP;MRP4;生物信息学

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 广州市民生科技重大专项(201300000100)

作者(Author): 张怡宇;苑召虎;黄慧瑛;李秋娴;李楠;黄建云;魏亚明;

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